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初，洪武元年置兵部。六年，增尚书一人，侍郎一人。置总部、驾部并职方三部，设郎中、员外郎、主事，如吏部之数。十三年，升部秩，设尚书、侍郎各一人，又增置库部为四属部，部设郎中、员外郎、主事各一人。十四年，增试侍郎一人。二十二年改总部为司马部。二十九年，定改四部为武选、职方、车驾、武库四清吏司。惟职方仍旧名。景泰中，增设尚书一人，协理部事，天顺初罢。隆庆四年添注侍郎二人，寻罢。万历末年复置。
协理京营戎政一人，或尚书，或侍郎，或右都御史。掌京营操练之事。永乐初，设三大营，总于武将。景泰元年始设提督团营，命兵部尚书于谦兼领之，后罢。成化三年复设，率以本部尚书或都御史兼之。嘉靖二十年，始命尚书刘天和辍部务，另给关防，专理戎政。二十九年，以“总督京营戎政”之印畀仇鸾，而改设本部侍郎协理戎政，不给关防。万历九年裁革，十一年复设。天启初，增设协理一人，寻革。崇祯二年复增一人，以庶吉士刘之纶为兵部侍郎充之。
刑部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其属，司务厅，司务二人。从九品浙江、江西、湖广、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三清吏司，各郎中一人，正五品员外郎一人，从五品主事二人。正六品。正统六年，十三司俱增设主事一人。成化元年增设四川、广西二司主事各一人，后革。万历中，又革湖广、陕西、山东、福建四司主事各一人。照磨所，照磨，正八品检校，正九品各一人。司狱司，司狱六人，从九品。
尚书，掌天下刑名及徒隶、勾覆、关禁之政令。侍郎佐之。
十三司，各掌其分省及兼领所分京府、直隶之刑名。浙江司带管崇府、中军都督府、刑科、内官、御用、司设等监，在京金吾前、腾骧左、沈阳右、留守中、神策、和阳、武功右、广洋八卫，蕃牧千户所，及两浙盐运司，直隶和州，涿鹿左、涿鹿中二卫。江西司带管淮、益、弋阳、建安、乐安五府，前军都督府，御马监，火药、酒醋、面觔等局，在京府军前、燕山左、留守前、龙骧、宽河、忠义前、忠义后、永清右、龙江左、龙江右十卫，及直隶庐州府，庐州、六安、九江、武清、宣府前、龙门各卫。湖广司带管楚、岷、吉、荣、辽五府，右军都督府，司礼、尚宾、尚膳、神宫等监，天财库，在京留守右、虎贲右、忠义右、武功左、茂陵、永陵、江淮、济川、水军右九卫，及兴都留守司，直隶宁国、池州二府，宣州、神武中、定州、茂山、保安左、保安右各卫，渤海千户所。福建司带管户部、太仆寺、户科、宝钞提举司、印绶、都知等监，甲字第十库，在京金吾后、应天、会州、武成中、武功中、孝陵、献陵、景陵、裕陵、泰陵十卫，牧马千户所，及福建盐运司，直隶常州府、广德州，中都留守左、留守中、定边、开平中屯各卫，美峪千户所。山东司带管鲁、德、衡、泾四府，左军都督府，宗人府，兵部，尚宝司，兵科，典牧所，会同馆，供用库，戈戟司，司苑局，在京羽林右、沈阳左、长陵三卫，奠靖千户所，及山东盐运司，中都留守司，辽东都司，辽东行太仆寺，直隶凤阳府，滁州、凤阳、皇陵、长淮、泗州、寿州、滁州、沂州、德州、德州左、保定后各卫，安东中护卫，潮河、龙门、宁靖各千户所。山西司带管晋、代、沈、怀仁、庆成五府，翰林院，钦天监，上林苑监，南、北二城兵马司，混堂司，甜食房，在京旗手、金吾右、骁骑右、龙虎、大宁中、义勇前、义勇后、英武八卫，及直隶镇江府、徐州，镇江、徐州、沈阳中屯各卫，沈阳中护卫，倒马关、平定各千户所。河南司带管周、唐、赵、郑、徽、伊、汝七府，礼部，太常寺，光禄寺，鸿胪寺，詹事府，国子监，礼科，中书舍人，神乐观，牺牲所，兵仗局，灵台、钟鼓等司，东城兵马司，教坊司，在京羽林左、府军右、武德、留守后、神武左、彭城六卫，及两淮盐运司，直隶淮安、扬州二府，淮安、大河、邳州、扬州、高邮、仪真、宿州、武平、归德、宁山、神武右各卫，海州、盐城、通州、汝宁各千户所。陕西司带管秦、韩、庆、肃四府，后军都督府，大理寺，行人司，尚衣监，针工局，西城兵马司，在京府军后、腾骧右、豹韬、鹰扬、兴武、义勇右、康陵、昭陵、龙虎左、横海、江阴十一卫，及河东盐运司，陕西行太仆寺，甘肃行太仆寺，直隶太平府，建阳、保定左、保定右、保定中、保定前各卫，平凉中护卫。四川司带管蜀府，工部，工科，巾帽、织染二局，僧道录司，在京府军、金吾左、济川、武骧右、大宁前、蔚州左、永清左、广武八卫，及直隶松江、大名二府，金山、怀安、怀来各卫，神木千户所。广东司带管应天府，在京锦衣、府军左、虎贲左、济阳、留守左、水军左、飞熊七卫，及直隶延庆州，怀来千户所。广西司带管靖江府，通政司，五军断事司，中城兵马司，宝钞、银作二局，在京羽林前、燕山右、燕山前、大兴左、通州、武骧左、镇南、富峪八卫，及直隶安庆、徽州二府，安庆、新安、通州左、通州右、延庆、延庆左、延庆右各卫。云南司带管顺天府，太医院，仪卫、惜薪等司，承运库，及直隶永平、广平二府，镇海、真定、永平、山海、卢龙、东胜左、东胜右、抚宁、密云中、密云后、大同中屯、潼关、营州五屯、万全左、万全右各卫，宽河、武定、蒲州各千户所。贵州司带管吏部，吏科，司菜局，及长芦盐运司，大宁都司，万全都司，直隶苏州、保定、河间、真定、顺德五府，苏州、太仓、蓟州、遵化、镇朔、兴州五屯，忠义中、涿鹿、河间、天津、天津左、天津右、德州、宣府左、宣府右、开平、保安、蔚州、永宁各卫，梁城、兴和、广昌各千户所。
照磨、检校，照刷文卷，计录赃赎。司狱，率狱吏，典囚徒。凡军民、官吏及宗室、勋戚丽于法者，诘其辞，察其情伪，傅律例而比议其罪之轻重以请。诏狱必据爰书，不得逢迎上意。凡有殊旨、别敕、诏例、榜例，非经请议著为令甲者，不得引比。凡死刑，即决及秋后决，并三覆奏。两京、十三布政司，死罪囚岁谳平之。五岁请敕遣官，审录冤滞。霜降录重囚，会五府、九卿、科道官共录之。矜疑者戍边，有词者调所司再问，比律者监候。夏月热审，免笞刑，减徒、流，出轻系。遇岁旱，特旨录囚亦如之。凡大祭止刑。凡赎罪，视罪轻重，斩、绞、杂犯、徒末减者，听收赎。词诉必自下而上，有事重而迫者，许击登闻鼓。四方有大狱，则受命往鞫之。四方决囚，遣司官二人往莅。凡断狱，岁疏其名数以闻，曰岁报；月上其拘释存亡之数，曰月报。狱成，移大理寺覆审，必期平允。凡提牢，月更主事一人，修葺囹圄，严固扃钥，省其酷滥，给其衣粮。囚病，许家人入视，脱械锁医药之。簿录俘囚，配没官私奴婢，咸籍知之。官吏有过，并纪录之。岁终请湔涤之。以名例摄科条，以八字括辞议，以、准、皆、各、其、及、即、若，以五服参情法，以墨涅识盗贼。籍产不入莹墓，籍财不入度支，宗人不即市，宫人不即狱，悼耄疲癃不即讯。详《刑法志》。
洪武元年置刑部。六年，增尚书、侍郎各一人。设总部、比部、都官部、司门部，部设郎中、员外郎各二人，惟都官各一人。总部、比部主事各六人，都官、司门主事各四人。八年，以部事浩繁，增设四科，科设尚书、侍郎、郎中各一人，员外郎二人，主事五人。十三年，升部秩，设尚书一人，侍郎一人，仍分四属部，部设郎中、员外郎各一人，总部、比部主事各四人，都官、司门主事各二人，寻增侍郎一人。始分左、右侍郎。二十二年，改总部为宪部。二十三年，分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，浙江部兼领云南。部各设官，如户部之制。二十九年，改为十二清吏司。永乐元年以北平为北京。十八年，革北京司，增置云南、贵州、交阯三司。宣德十年，革交阯司，遂定为十三清吏司。
工部。尚书一人，正二品左、右侍郎各一人。正三品其属，司务厅，司务二人。从九品营缮、虞衡、都水、屯田四清吏司，各郎中一人，正五品，后增设都水司郎中四人。员外郎一人，从五品，后增设营