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吴辉投入大量时间，开始进行各种试错实验，在海量实验的累计之下，终于有一天让他瞎猫碰上死耗子，找到一个合适的办法，让阿米巴能够在灵魂上模拟虚空蠕虫碎片。
但是这明显还不够，吴辉根据转录的信息，用阿米巴拼凑出一个虚空蠕虫灵魂，但是这个灵魂明显与真正的虚空蠕虫不同，它不具备活性，没有虚空蠕虫那种数据和灵魂互相转换的能力，没有感染性，没有跳跃性。
为了解决这个难题，吴辉开始尝试用复制版的虚空蠕虫去吞噬真正的虚空蠕虫，并且这种吞噬还必须保证对方不失去活性的前提下进行，难度相当大。
好在吴辉有海量的阿米巴和足够的虚空蠕虫供他消耗，在海量实验的支撑下，经过无数次的失败，终于有一个刚出生的幼年体虚空蠕虫被阿米巴完整的消化了。
这时吴辉注意到，阿米巴明显转录到一段明显与众不同的灵魂信息，这段信息马上被提取出来详细分析。经过各种验证，吴辉发现，这段灵魂信息有可能是虚空蠕虫是否具备活性的关键。
阿米巴组装的复制版虚空蠕虫，如果没有这段信息，那么就是一个简单的结构堆砌物，而一旦输入这段灵魂信息，这个复制版的虚空蠕虫就好像突然变成了一个整体，真正的活过来了。
这是吴辉首次制造出了一个真正的虚空蠕虫，它具备虚空蠕虫的所有能力，能够在数据和灵魂之间切换，能够感染其他生物的灵魂。并且吴辉发现，这个虚空蠕虫即使变成数据状态，他也能感觉到它的存在，并且控制它的行为。
这是一个非常有意思的情况，当这个阿米巴版虚空蠕虫进入虚拟世界，吴辉即使在现实世界中，仍然能够感受到这个虚空蠕虫所处的环境，所接触的信息，并且他还可以指挥虚拟世界中的虚空蠕虫。
但是这个阿米巴版的虚空蠕虫还具备某些生命灵魂的特性，比如它可以单独的以灵魂形式存在，但是如果没有实体依托，它会快速的消散掉。与所有灵魂一样，它会慢慢的消失掉活性，变成一团纯粹的灵魂能量。
不过这时的阿米巴似乎出现了一个新的特点，就是它似乎已经能够脱开躯体的束缚，能够以灵魂形态生存了。
阿米巴的前身就是一个单细胞生物，现在它似乎换成了另外一个形态，它似乎变成了灵魂意义上的单细胞生物。似乎它可以而模拟和组装其他生物的灵魂，至少目前看来它能够组装虚空蠕虫了，这似乎是灵魂状态的阿米巴，重复组装生物的过程。
吴辉对于阿米巴能够组装其他灵魂非常的感兴趣，他调取一些奴隶的灵魂，开始让阿米巴吞噬，看看能否像虚空蠕虫一样，将这个灵魂模拟出来。
这次因为阿米巴具备虚空蠕虫的某些特点，所以再次吞噬奴隶灵魂的时候，阿米巴充分发挥出虚空蠕虫的感染性。在对方毫无察觉的情况下，潜伏进对方的灵魂，然后慢慢的吸收和转录对方的灵魂信息。
采取这种活体感染的方式，阿米巴很快将一个奴隶的灵魂信息完全的转录出来，然后吴辉根据这些灵魂信息，组装出第一个智慧生物灵魂。吴辉非常惊喜的发现，这个组装灵魂居然具备与原灵魂完全相同的特性。
吴辉据此进行了一些深度实验，这些实验从本质上来说，已经比大黄蜂那种简单那灵魂开刀的模式高级了很多，但是从某种意义上来说，也邪恶了许多。因为在其中一个实验中，吴辉将一个复制灵魂植入了正版灵魂的躯体……
度过了最初的不适之后，这个复制灵魂很快将这幅躯体指挥得游刃有余，似乎这个躯体完全没能发现，实际上这不过是一个冒牌货。
这事就比较有意思了，就是说如果吴辉想，他已经可是制造任何一个智慧生命的复制体，甚至将它的灵魂完全换成阿米巴版，而绝对不会被发现，除非那个文明比人类更高级。
吴辉明显没有就此为止，他延续这个思路走下去，进行了更进一步的实验。他让阿米巴重新复制一遍这个奴隶的躯体，然后将这个躯体的阿米巴灵魂全部提取出来，让它们变成奴隶的复制版灵魂。
这样一个从生物基础到灵魂的复制版奴隶就诞生了，吴辉让这个复制版奴隶与正版奴隶见面，结果发生了非常有意思的一件事。盗版和正版奴隶之间表现出一些非常特异的地方，比如它们俩似乎变成了某种双生体或者双生子，它们之间居然有非常强烈的心电感应……
这……
……不科学啊！
吴辉的实验进行到这一步，阿米巴已经从生物意义上模拟进化到灵魂上的模拟，这真是让人非常意外的一件事。从灵魂上模拟另外一个生命，如果不是事实就在眼前，就是吴辉都感觉有点无法相信，因为这实在与常理，与既往的世界观差距太大了。从现有世界观来看，这简直荒谬得让人无法置信。
成果已经出来了，再如何质疑它也是事实存在的，按照吴辉的理解，这次阿米巴灵魂模拟，必然会让阿米巴的价值再次出现巨大的跳跃。不过这次吴辉没有再藏着掖着，作为自己保命的底牌来使用。
因为现在吴辉的权威经过数千年的时间，已经深入到每一个人类的心中，他的统治地位几乎是不可动摇的。所以吴辉已经不必害怕将自己的秘密公布出去，会给自己带来任何危险了。
并且阿米巴这个独特特性共享给整个人类，有可能能够帮助人类获得重大进步。现在队伍吴辉来说，来自人类内部的危险已经非常小了，所有危险主要都来自于外部。在这种情况下，人类安则吴辉安，增强人类的实力，其实本身就是提高吴辉自己的安全性。
所以吴辉把熊启明找来，俩人关在屋子里整整谈了一天，等熊启明离开的时候，仍然能够从他脸上发现震惊的神色残留。
紧接着科学院开始进行结构调整，这次调整只是局部的调整，所有与灵魂相关的研究，都被合并成一个巨大的灵魂研究部，这个部直接向吴辉负责，具体研究进程由吴辉做最高指导。
这个部被单独的划出来，成为一个独立性比较强的结构，并且这个研究部内的所有人员，他们将会单独在一个相对独立的地域进行科研，安保和保密层级非常高，非经过批准，所有来自这个研究部的信息都不得随便外传。
这个措施的采用，可以保证吴辉所有威胁的最小化，又可以保证阿米巴功能的充分挖掘。并且阿米巴的功能这么特殊，完全可以当作人类的底牌来用，必要时没准会起到意料之外的效果。为了保证这张底牌打出去时的突然性和隐秘性，这个信息只在科学院内部小范围传播，除了相关研究人员，基本很难获知灵魂研究部的真相。
有了科学院的加入，吴辉关于阿米巴灵魂灵魂应用的研究开始突飞猛进。原先所有相关研究事宜都必须他一个人考虑，现在有一个成熟的科研团队在运作，阿米巴灵魂的周边应用研究和理论研究骤然丰富起来，呈现出爆发性繁荣。
关于灵魂模拟的用途，灵魂研究部认为，其最大的功用也许不在于模拟，而在于制造！
这个制造，灵魂研究部的定义是——灵魂的制造！
以目前人类的科技水平，以目前人类对世界的认知，是否有灵魂，最大的不同在于创造性，这一点也许对也许不对，也许随着人类科技的继续升级，随着人类灵魂科技的全面解析，这个定义可能会再次更换。但是目前看来，这是人类所能够想到的，最本质的区别。
既然灵魂的主要作用在此，那么阿米巴灵魂模拟的用途，其中最关键的作用应该在于，制造人造灵魂，制造某种具备自我科研能力，完全由阿米巴构成的，全智能文明。
换句话说，现在的吴辉，只要他想，他完全可以制造出一个全新的种族，这个种族可以不断的自我发展下去，就像宇宙中所有种族一样。现在吴辉如果单独出走，那么没准几千年后，他就会带回来一个比人类更高级的文明。
现在看来，人类缺了吴辉注定要损失不小，比如幻想乡必将不复存在，但是吴辉如果失去人类，很可能不会有什么实质性损失。从某种意义上来说，现在的人类相对于吴辉，似乎已经变成了某种累赘……
灵魂研究部的科学家将一切可能性都分析得通透，并且将之彻�