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（三）方法的规则根据上述的方法论的起点，笛卡尔规定了方法的规则。在他的《指导心灵的规则》一书中，笛卡尔列举了二十一条规则，但在《方法导论》的书目中，他只列了四条，我们可以归纳如下：规则一：绝不承认任何事物为真，除非我明明白白知道它确实为真。
第一条规则告诉人们要谨慎处事，避免疏忽和成见。判断不要越过事物在心眼前所呈现的明显与清晰的范围，不含任何可疑的因素。笛卡尔所谓的明显与臆测是相对立的，明显是指呈现在心眼前的事实，在心中所产生的结果。用传统的说法，直观就是明显，是心灵到达明显的活动。显然，这条规则是根据数学的直观而来的，所以按照笛卡尔的看法，它绝不是感观所提供的不稳定证据，也不是幻想所编织出来的海市蜃楼，而是一个了解的观念，是纯理智的专一获得的观念。这个观念极其简单而容易、明显而清楚，使我们对认识的对象不但知道其内容，而且也了解自己知道的内容。换句话说，就是明白这观念的存在，没有丝毫疑惑的可能。直观乃是理智用以攫取自我观点的方式，是一种纯理智的行为。所谓（clearity）与（distinction）是该明显或直观的两大特征。
“明”是指一个观念在理智中对于注视它的心眼透彻地呈现自己，没有丝毫隐瞒。“晰”是指一个观念，显出自己与其它观念有分别，因为它所含的因素与其它观念所含的因素迥然各异。因此，“晰”肯定了“明”，但是“明”却未必“晰”，“晰”和观念的单纯性特别有关系。
所以，我们可以简单地说：明晰是心灵的基本行为，笛卡尔称它为直观。在《探求心灵的规则》一书中，他把它列在演绎旁边，视二者为理智的仅有活动。同时直观也是明晰的行为，心灵的自我透视。
规则二：将我们所要检查的每一难题，尽可能分解成许多部分，以作为妥善解释这些难题的要害。
在上一规则中，笛卡尔已暗示，一切难题之所以为难题，是因为复杂的缘故。如果将一个难题分析成为千千万万个微小的部分，使其单纯化则难题也就不成为难题了。因为笛卡尔深信，单纯的亦是明显的，所以这条规定，一方面叫我们确定困难之所在及其范围；另一方面也叫我们把难题分析为简单而绝对的部分，以便逐一加以观察，因为一旦发现了问题的绝对部分，则其答案也就在其中了。
分析的主要任务，就是要找到最简单的东西、最简单的事实或命题。这就是从个别去找一般，从具体走向抽象，这个过程是通过对具体事物的分割来进行的。找到了最简单的东西即是分析过程的完结。
规则三：依照次序引导我们的思想，由最简单、最容易认识的对象开始，一步一步地上升到最复杂的知识。把全部事物看作是一个从绝对到相对、从简单到复杂、相互依赖、相互联系、层层隶属的有顺序的系列，认识以最简单的事物为起点，“然后，一步一步地前进，探询其它的真理是否能从这个真理中推演出来，并且另外一些真理又从这些结论推演出来，等等，这样依次进行下去”。这条规则是根据这样一个信念：假定一切事物皆有一种程序。如果不能在事物本身找出一种自然的程序，至少也应当给它构想出一种逻辑的程序。这样，分析与综合兼用才是完美齐全。因为综合的原则是：先确定定义和公理，然后借助几何式的证明程序，由单纯的定义和公理到达复杂的知识。综合与分析原先是我们认识事物的两种程序：分析是倒溯的程序，旨在说明复杂观念是由许多其它单纯观念所组成；综合是前进的程序，旨在证明单纯观念能与其它单纯观念组合而成为另一种观念。这两种认识的程序彼此有密切的关系。分析的最后元素是综合的最先元素，当一个观念不能再分析时，就是分析的终极。同样地，当一个观念不能再容纳其它观念的组合时，就是综合到了饱和点。这两种观念是从数学中提取的，但是他们在数学中的应用和在哲学中的应用很不相同。数学中的分析与综合是分开应用的，而在哲学中，则两者应当联合运用而成为一种程序，因为如果一物不是综合的，则它不能有分析。如果一物不能分析，则它没有综合的存在。此外，在分析中，我们假定单纯的才是明显的，复杂的则是有疑问的，所以是由不明显推演到明显，也就是由不知到达知。把那些不为所知的最后元素当作已知，把已知的最先综合当作不知。在综合中，我们同样假定单纯的才是明显的，复杂的则是有疑问的，不过它是由明显变为不明显，所以把那已知的最初元素当作知，而把那些不知的最后综合当作不知。
规则四：处处做周全无误的核算与普遍不漏的检查，直到足够保证没有遗漏任何一件为止。这条规则的设立，是为了辅助分析与综合的应用。它包含检验综合的步骤和清点校核分析的部分，使在演绎时严格地遵守演绎的连贯性，不使其有越级的情形发生以保证真理的明晰和必然。
所以，详细列出那些和问题有关的全部事实，无一遗漏，就可以保证推理的正确性。笛卡尔说：“如果我们希望使我们的科学完善……列举也是很需要的。”从确实性来说，列举尽管不如直观，但还是能够使我们对吸引我们注意力的东西作出正确的、确实的判断。通过列举“我们可能获得比通过其它任何类型的论证（简单的直观除外）所能获得的更确实的结论”。我们的心灵应该满足于这种确实性。
（四）方法论的应用任何方法都是为体系服务的，虽然有时常见体系是荒谬的，方法都是卓越的或颇有可取之处。笛卡尔力求以他的体系把自然科学和数学这两个互相依存而又互相有别的领域结合起来，用玄学思辨把二者统一为一个模式。这是一把钥匙。他的方法论探求的就是怎样才能掌握这把钥匙，意图教给世人的也是如何运用他所认为的这把万能钥匙。事实上，假如我们识破了并且把握住这个特异之处，也就是掌握了笛卡尔方法的奥秘。任何一种方法的确立和发展，只要它不是胡拼乱凑、欺世盗名，只要它确实遵循严谨的、确定的逻辑推演系列，堪称一种方法论而无愧，那么，往往不一定始终准确依据体系来为它规定轨道，它甚至可以与它原来的出发点背道而驰。米纳娃一旦从她父亲朱庇特头脑中全副武装蹦了出来，她的生命归她自己所有，证实她的力量是她自己的行为。唯心主义体系需要的方法，理应适合自身体系的根本要求，即精神、思想、观念是第一性的。但是笛卡尔在他的形而上学领域和他所认为的普遍科学——数学领域内都是从既有的事实出发，根据当时已有的条件，按照“存在于事物本身的秩序”，或者按照“我们凭借思维巧妙铸造的秩序”，探求真理并取得出色的成就。在哲学领域内，他也以同样的方式探求出不仅仅是个别真理，而是达到真正符合上述两种秩序的普遍真理，我们应特别重视他在认识论和方法论方面辩证法运用的实例。
强调科学之间密切联系是笛卡尔一贯的思想。这就是说，不可以把我们考察的对象，包括自然科学各门对象，割裂开来逐一研究，而应该看到一切科学彼此密切联系，“把它们统统完整地学到手，比把它们互相割裂开来更为方便得多”。“因此，谁要是决心认真探求事物真理，他就必须不选择某一特殊科学：因为事物都是互相联系、彼此依存的。”笛卡尔在晚年的一封信中，回顾他学习和研究人生时说：“几何学家达到最困难证明时使用的那些简单容易的推理系列，当时已使我想象：人类认识的一切对象都是这样互相依存的，只要我们力求避免作出错误的推断，遵守一事物至另一事物前后相继的秩序，那就没有什么东西远不可及，也没有什么东西隐而不露，不为我们发现。”
笛卡尔与当时的以及以后的一切哲学革新家一样，要求砸烂已经陈腐的使人窒息的法则桎梏，使我们的睿智从任何成见定规中解放出来，只依从理性光芒的指引去探求事物的真理。理性的光芒不是指向早已作古的先哲，而是指向现时的权威，首先指