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都是假的，他只是想找一个把握真理的稳当且准确的方法。他不在发明真理，而在整理真理，使真理成为一个明显扎实的系统。为此，他创立了一套理性主义的方法，形成了较完整的科学方法论，并运用这套方法来建立他自己的哲学体系。
（一）方法论的起点普遍怀疑的方法是笛卡尔方法论的起点。因为笛卡尔觉得，他从幼年开始就把一大堆错误的见解当作真的接受下来，这些知识以及据此形成的一些见解都是靠不住的，非常可疑的。学校的教育只能加重他的烦闷，求学除了越来越觉得自己无知外，没有什么其它的进步。笛卡尔认为，应该“认真地、自由地来对我的全部旧见解进行一次总的清算”。“如果我想要在科学上建立起某种坚定可靠、经久不变的东西的话，我就非在我有生之日认真地把我历来信以为真的一切见解统统清除出去，再从根本上重新开始不可”。
笛卡尔的普遍怀疑是方法论上的怀疑，它不同于怀疑论者以怀疑为目的而走向虚无主义，它是以发现真理，得到确实的知识为目的的。因为在我们原来所接受到的一切知识中，有些是真的，有些是假的；有的确实程度高，有的确实程度低。而它们又如此紧密地纠缠在一起，从而使我们在头脑中形成了许多偏见，把这些东西都信以为真，阻碍了我们对于真理的认识。任何一个想要发现真理的人，在一生中至少要进行一次普遍的怀疑。对于这种普遍的怀疑，笛卡尔作了两个形象的比喻：一是把它比作建造大厦，为了找到坚实的基础，先把“浮土和沙子排除掉，以便找出岩石或粘土来”。二是把这种怀疑比作挑选烂苹果，如果一个人有一篮子苹果，“他害怕其中有些是不新鲜的，想把它们拿出来，以免弄坏其余的苹果。他能如何着手呢？他是否会首先把篮子倒空，而后把苹果一个一个地检查一遍，把那些他看到没烂的苹果挑起来，重新装回篮子里，而把其余的扔掉呢？这就同这样一些人的情况完全一样，这些人从前没有很好地研究过哲学，他们在自己的头脑中保留着从前就开始积累的各种各样的看法。当他们很有道理地确信这些看法的大多数不符合真理时，他们便试图把一些看法同别的看法区别开来，因为他们害怕把这两类看法混淆在一起使得全部看法不可靠。为了不犯错误，岂不最好还是一下子把它们全部抛掉，不管它们当中哪些是真理，哪些是谬误，而后再对他们逐一加以研究，只保留其中那些被认为是真理的和无可怀疑的东西。”普遍怀疑是发现真理的一种方法。
但是，笛卡尔对真理的存在毫不怀疑，问题在于用什么方法去获得真理。对此他认为，除了必须抛弃前此操之过急、妄自独断、固执己见等弊病之外，还应有一个真理的标准，用以判别真假。因此，笛卡尔又有一个信念，即良知的存在。他认为良知在实际的生活中等于明智，而在理论的生活中则等于理智。人人都有良知，而且基本上平等，但是为何直到今天，人们仍不能用良知来建立共同的形上学呢？按照笛卡尔的看法，这并不是由于彼此的良知不同，而是彼此在应用良知上的情形不同，或者说是应用的方法不同，或者是应用的对象不同。“一切科学，就其整体来说，和人的智慧等同。它通常是单一的而且是同一的，但是如果应用到不同的事物上，反应也就自然不同。犹如阳光照耀在各种物体上，我们便看到各种不同的花色明暗。这个理智等同的信念就成为他的方法根据。”笛卡尔深信在所有的知识中，数学最具资格被称为真正的科学。它具有真正科学的条件和达到真理的方法，所以他要借助数学的形式作为一切知识的形式。同时，数学方法也是普遍知识的方法，“那一长串连贯的推理极其简单容易，几何学者常习惯应用它们以获得难证明的事理使我联想，凡在人的能力所能认识的范围内，都有同样的情况，只要你不把任何不是真的当作真的，并遵守演绎程序由一事理推到另一事理，那么就绝不会有遥不可接、隐不可明的事理。所以应当在数学中寻求理智活动的法则。科学只有一种，因而方法也只有一个，数学方法也是其它科学的方法，这种方法是真切而简易的规则总汇。任何人都能应用，并且十分方便，只要你仔细遵守，决不会把假的当作真的，日将月就，知识便会不期然地逐渐增加而得到理智所能知道的最高知识。“
数学上所应用的基本方法有两种：一是直观；一是演绎。推演真理的程序是由定义、公理而达到结论。直观是理智最单纯的基本活动，是心灵的直接洞悉，它能供给我们坚定不摇的绝对真理。譬如：每个人洞悉自己存在的事实；思想存在的事实；三角形只有三边以及球形只有一个表面的事实。只要我们应用心灵之眼观看这些事实，立刻就有明显的感受，心灵便具有这些事实的明显观念。这些观念即为单纯的观念。在研究任何问题的过程中，我们通常遇到这类单纯的观念。一切难题的解答必须借助他们。演绎也是理智的活动，但是和直观不同，它们不是理智的单纯活动，必须先假定了某些真理（或定义）之后，凭借这些定义推出一些结论。譬如：我们知道了三角形的定义和定理之后，可以推出一个三角形内角的总和等于两直角之和。所以直观的功用是在于提供科学和哲学的最新原则。而演绎则是应用这些原则来建立一些定理和命题。也就是说，直观是发明的基本原则，演绎是导致最基本的结论。不过笛卡尔认为演绎是有缺陷的，因为由同一个原则往往会演绎出不同的结论，所以应当有另一个方法来纠正它。这个纠正的方法就是经验，即所谓的诉诸事实。
（二）方法的实质笛卡尔认为：“方法，我是指确实和简单的规则，如果某人准确地遵从它们，他将决不会把假的东西当成真的，决不会把他的精神努力无目的地花费，而将总是逐渐地增加他的知识，这样对于所有不超过他的能力的东西得到一个真实的理解。”以往之所以得不到关于事物的确实的知识，是因为我们没有获得把握这种知识的方法，或者说已往的方法不恰当。“但是，如果我们的方法正确地解释了应该怎样运用精神的洞察力，以至于不陷入矛盾的错误，并且解释了应该怎样发现演绎，以使我们能获得全部事物的知识，我看不出还需要什么使这个方法更完全，因为我已经说过，除了通过精神直观和演绎外得不到任何科学。”这就是说，这个方法的内容有两个方面，一是正确地解释怎样运用直观，一是正确地解释怎样发现演绎。直观和演绎就是这个方法的实质。
所谓直观，笛卡尔认为：“‘直观’，我理解为，不是感观的往复不定的证据，也不是起源于想象力错误地构造出来的骗人的判断，而是一个纯净的和专注的心灵如此迅速、如此清楚地给予我们的概念，以至于对于我们理解的东西完全用不着怀疑。”或者换句话说，“直观是一个纯净的、专注的心灵所具有的无可怀疑的概念，只是来自理性自然之光，它比演绎本身更确实，因为直观本身更简单，……”直观具有两个特点：一、直观的命题必须是最清楚明白的；二、它（命题）必须是同时地（而不是相继地）、整个地被理解。因此，我们运用直观就应该像运用眼睛一样，不要把思想分散在全部事物上，而应集中在某一点上。想一眼把什么都看清楚的人什么都看不清，想在思维的一个单一活动中同时专注许多事物，那么思想必然混乱；因此，应该像那些从事细微和精巧操作的工人那样，把视力集中在某一点上，通过实践获得一种区别各种微小和精细的对象的能力。
笛卡尔把演绎作为除直观之外“认识的补充方法，即通过演绎来认识。我们把演绎作为起源于其它那些我们确实地认识到的事实的全部必然推论”。演绎并不要求像直观所拥有的那种直接呈现出来的证明，它的确实性在某种程度上宁可说是记忆赋予它的。它通过一系列的间接论证就能得出结论，这就像我们握着一根长链条的第一节就可以认识它的最后一节一样。
这就是说，直观仅作为一种直接的认识方式，而演绎则是一种通过推理的间接的认识方式。直观和演绎是认识事理的根本方法，它们是笛卡尔方法的实质和核心，“除了那些自明的直观和必然的推演，人类没有直接通向确实知识”。总之，直观就是找到最简单、无可�