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詈笠淮翁逖榫睿尤胄傺览印４文�3月，返回法国处理财务问题，和哥哥谈妥祖传古屋和耕地，这些产业每年可收入六七千法郎。为了日后能专心研究，他必须先筹划生活费用，将归他的那份产业卖掉。不久，他又外出旅行，先到瑞士，再到意大利。他在意大利住了一年多，曾去威尼斯参加当地的特殊节日——威尼斯与海的结婚庆典。然后由威尼斯步行到罗莱德圣母大殿朝圣，以了却当年的誓愿。另外，他也参加了宗教乌尔班八世（urbano Ⅷ）颁布圣年。虽然曾经路过翡冷翠，但并没有去拜访伽利略。1625年翻越阿尔卑斯回到法国，住在巴黎从事他的研究。当时巴黎的学术界名流（包括巴尔扎克、数学家阿尔迪、巴黎数学教授莫兰和天文学家德博纳等），因为仰慕笛卡尔之名，与他来往频繁。笛卡尔此间还见到了许多老朋友，其中有马兰·麦尔塞纳（marin mersenne）。麦尔塞纳在后来许多年中一直是笛卡尔最忠实的朋友，书信来往频繁，他利用自己与欧洲许多著名学者相识的有利条件，把笛卡尔的著作介绍给他们，又把他们的意见汇总起来告诉笛卡尔。
起先，他住在父亲的一位朋友家里，由于不胜应酬之苦，乃不辞而别，搬到一个陌生的市区。好友梅色纳神父也在巴黎，多方为他寻找清静之地。1628年秋，笛卡尔决定离开法国前往荷兰。从此，他就在那儿定居下来，一直到1649年几乎都没离开过。至于为什么笛卡尔选择荷兰这块地方，我们猜想可能是因为他怕人家在法国指控他为异端，对自己的生命和自由都有所不利，也可能仅是为了法国的熟人太多了，交往应酬颇为妨碍研究工作，不如远居他乡，反而容易找到清静的环境，安心完成他的哲学写作计划。因为当年的荷兰的确是个好去处，政治修明，民风纯朴，人民享有充分的思想和言论自由。笛卡尔在荷兰的20年中，更换了多次住所，但通常都是选择在一座大学或著名的图书馆附近。他的收入允许他租用一所小别墅，并雇佣几个佣人。他终生没有结过婚，不过住在荷兰期间，有过一位情妇，名叫海伦（hel ne）。她为笛卡尔生了一个女孩，取名为法兰星（francine）。笛卡尔非常爱她，可惜这个女孩5岁就夭折了，为此笛卡尔伤心了很久。
在荷兰的那段优越环境中，笛卡尔开始他的著作生涯，将多年的研究心得笔之于书。自1619年11月那次领悟之后，笛卡尔曾在一篇题为《奥林匹克》的手稿中对他的梦作了详细说明。他死后，这一手稿落到克莱色列尔手中。莱布尼茨在1675～1676年访问巴黎期间有机会从中抄了一些段落，这些一直保留在汉诺威皇家图书馆。与此同时，笛卡尔心中早已有了《方法导论》的轮廓，并设计了他的方法论的规则。笛卡尔回忆说：在这个冬天以后，我还继续练习运用我所规划的那种方法，因为我除了按照这些规则小心地对我的一切思想作普遍的引导之外，还不时留下一点时间，特别用来解决数学上的一些难题，有时也用来解决一些别的科学上的难题，我可以把这些问题弄得几乎和数学问题一模一样，使它们脱离其他科学中一切我发现不够坚实的原理。〃经过9年的实验和总结，直到1628年，才把原来的构想记录下来，称为《指导心灵的规则》（《les kè；gles pour la drection de l'；esprit》）。这是笛卡尔最早的哲学著作。该书可视为《方法导论》的初稿，笛卡尔打算用36条规则来概括他的全部方法，分成三个部分，每部分12条。第一部分描述了新方法的一般特征，提出了建立关于量的一般科学的思想；第二部分过渡到这个方法在数学领域的应用；第三部分是要说这个方法在一般哲学问题上的应用。可遗憾的是，这部著作并没有写完，写到规则21就中断了，并且第二部分的后3个规则的解释也省略了，第三部分根本就没写。这部未完成的著作，笛卡尔在生前也没有发表过，直到他死后的1701年才在阿姆斯特丹问世，距离笛卡尔去世的时间，已有50多年了。
同时，笛卡尔也着手撰写形而上学，这就是他日后《第一哲学沉思》的雏形。1629年10月，他告诉梅色纳神父，正在写一本宇宙论，计划3年内写完。事实上到1633年他已完成了这本《宇宙论》——或称《论宇宙》（包括《光学》和《论人》（tralt du monde ou de la lumiè；re）。正待付梓之际，消息传来，伽利略（galileo galilei）在意大利受到教会方面的谴责，因为他拥护哥白尼（n·copernicus）的地动说。笛卡尔赶紧从比克曼那里借来伽利略的《关于托勒密哥白尼两大世界体系对话》，在这本书中他看到自己的许多结论，尤其是承认哥白尼太阳中心说，与伽利略相一致。为避免与教会及当时学术界人士引起正面冲突，笛卡尔打消了出版该书的意图。这时候，他沮丧地告诉梅色纳神父：〃地动说与我的论文关系异常密切，我真不知如何能够将这理论从我的著作中删去，而又能使其他的部分仍然成立，不致以沦为一堆残缺不全的废纸。然而，我又绝不愿意在我的言论中，出现一些令教会不悦的言辞，我宁愿毁掉它，以免使它成为畸形之物……如果地动说不能成立，那么我的哲学基础便全部错误了，因为很明显的 ，我的哲学就在证明地动说。〃不过，笛卡尔并没有毁掉他的手稿。他希望有一天，〃地球的另一面也同样地处罚它，这样，我的《宇宙论》才有可能在时间中见到天日〃。这本书后来在1677年出版。该书系统地阐述了他的物理学、宇宙学的观点，可以说是哥白尼、伽利略的思想在科学上的继续和在哲学上的发展。
全书分成两个主要部分，第一部分是《光学》（trait de la lumiè；re），主要论述了感觉和物理条件的区别，光和热的本性，物质的广延、硬度、流动性等特性，物质的三要素，地球上和天体上物质运动的规律等等。第二部分是《论人》（trait del'；homme） ，主要论述了包括人在内的动物有机体的运动，同时还说明动物是一种无意识的机器。笛卡尔原来还打算写的第三部分是《论灵魂》，但在笛卡尔的遗稿中根本就找不到这一部分，也许根本就没有写出来。这不幸事件发生过后，各方的好友频频催促笛卡尔让他们看看他的新发现。于是，他又谨慎地将《宇宙论》中的主要部分整理出来，分别写成三篇文章，再加上一篇序文，于1637年8月8日一起在雷登（leyde）出版。当时虽然没有刊出作者的姓名，但大家都知道这是笛卡尔的著作。
笛卡尔在这本匿名发表的书中不仅以自传的形式记叙了他的思想发展过程，而且在其中透露了他在1633年因伽利略受到教会的责难后再不敢发表的《论宇宙》一书中关于世界和宇宙的机械唯物主义的基本思想。这本书是用法文，即〃我们的母语〃写成的，目的是〃希望那些只是运用自己的自然理性的人们比那些只注意古人著作的人对我的意见能够作出更好的判断〃。这部著作是和三篇论文组合而成的。它们是《折光学》、《气象学》和《几何学》。在《折光学》中，探讨了光的折射问题，并且独立地发现了后来人们所说的斯乃尔规律。在《几何学》中，他奠定了我们现在所说的解析几何学的基础。至于那篇序文，也就是令笛卡尔名垂千古的《方法导论》。《方法导论》的全名应是《在正当运用理性及追求科学真理上的方法论》（《disconrsdela m thode pour bien conduire sa raison et chercher la verite dans les sciences》）。笛卡尔在1637年2月27日给麦尔塞纳神父的信中说：〃我不把它叫作'；方法论'；（trait de la m thode），而把它叫做'；谈谈方法'；（piscours de la m thode）。这就相当于说它是'；关于这个方法的导言和意见'；，是要表示我的目的不是要教授这个方法，而只是谈谈这个方法。〃笛卡尔在书中也说：〃我的目的并不是要在这里讲授每一个人为了更好地指导他的理性所应遵循的方法，而只是表明我是以什么方式来引导自己的理性〃。笛卡尔还说，〃我把下面这些论文叫做'；关于这个方法的论文'；（essais de cete m thode）〃，以表示他 讲的方法是后面几篇论文中的方法，而这些论文是表现这个方法的论文，所以这本书的名字