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笛卡尔认为灵魂有两种活动：觉和欲。感觉本身是一种本能，而不是认识事物的本质。它能使我们面对当前的事情，知道采取迅速、果断的态度。譬如：手碰到火时，知道立刻缩回。灵魂的感觉是由于外界扩展的肉体直接或间接地激动末梢神经，这些末梢神经聚合成为一种神经管，然后通到松果腺的空腔中，末梢神经的刺激被输送到空腔中时，激动脑神经，这时，居于脑中间松果腺亦随之振动。在空腔中的灵魂于是有所感觉，松果腺每动一次，灵魂即有一次感觉。
欲包括意愿和情感，它是由生命精神在灵魂中所激起的感觉——情感或冲动所组成的，即肉体内的一些机械的能力。所有这些能力或情感中，有六种是基本的，即：惊奇、爱恨、欲望、快乐和忧愁。显然，灵魂的长处在于它能够克胜情感，以及能够控制随情感而来的肉欲冲动；而它的弱点，也在于无法控制情感，任由他们玩弄，出而反而，使灵魂走向自我冲突的途径，最终沦于极为可怜、尴尬的地步。
灵魂的本质是思想，这样，灵魂非时时刻刻思想不可，对此，笛卡尔给予充分肯定，他说：“我肯定，人的灵魂，不管在何处，即使在海底也时常在思想。我这样的肯定是有道理的，因为我已经证明了它的本性或本质就是思想。就好像物体的本质是‘扩展’一样。人们是否希望获得比这些更确实、更明显的证明理由呢？世界上不存在没有其本质的东西，所以我认为我不应相信有人因为他不记得自己在思想之故就否认自己的灵魂在思想，就好像我不相信有人因为感觉不出来他自己肉体的扩展，而否认他自己的肉体是扩展的一样。但是，这并不是说我因此就相信小孩的精神在母胎时就已作形而上学的沉思。相反，如果你允许我做一个无法证实的猜测，我要说既然我们经验到我们的精神是如此密切地和我们的肉体结合在一起，甚至于几乎依赖它，虽然一位成年人和健康者的精神，其行动具有某种自由，能想一些异于感官所提供的事物，但这种自由，在病人和沉睡中的人以及孩童身上就无用武之地了。在一般情形下，年纪越幼小，这种自由就越渺小，所以最合理的说法是肯定一刚刚和婴孩的肉体相结合的灵魂，它仅有苦痛、冷热的模糊感觉，和其它一些与身体结合及掺杂而生的观念。这个时候，他内生的上帝、自我以及自明的真理观念，并不少于一位不重视它们存在的成年人，因为这些观念不是因为年岁的增长而获得。我不怀疑，一旦灵魂脱离肉体的纠缠，人就会立即发现它们是在自己的身上。”笛卡尔还说：“我相信灵魂所以常常思想的理由，和我相信光之常常照耀相同，虽然没有人注意它；这和我相信热之常常温暖，虽然没有人靠它取暖相同，同时也和我相信物体或扩展之实体具有体积一样。总之，当一物存在时，一切组成该物的本性因素常常同它一起存在。因此，当有人说灵魂停止思想时，对我来说，我宁可说它停止存在，而不说它存在但不思想。”
灵魂永远在思想，但为什么我们有时不觉得在思想呢？这是因为它受了肉体的影响而分心的缘故。如果一旦它处于纯精神状态，则它立刻清晰地、明显地抓住一切内存的观念，因为它们是它的构成元素。这些观念之所以如此模糊不清，是因为灵魂和肉体结合之后，它的注意力从内在的观念，转移到它的外在形式，如病痛、冷热等。从上面笛卡尔的言辞中，我们可以看出，笛卡尔所说的灵魂是指独立的纯精神体，和肉体是根本不同的两回事。当我在怀疑我的肉体是否存在时，“我的精神”之存在是无可怀疑的。但这并不是说灵魂是自存的，这只是说灵魂是不依赖于肉体而存在的。没有肉体，灵魂不能自然地存在。事实上，笛卡尔认为当我们还不知道肉体是否存在时，我们已确知我的精神存在，并且还拥有灵魂的观念，这不但说明灵魂与肉体是互相独立，而且还是彼此对立的。笛卡尔说：“我领悟到灵魂和肉体有很大的分别，就肉体的本性来说，它常常是可以分割的，而灵魂绝对不能分割。的确，当我观察心灵或‘我’时，由于‘我’只是思想之物而已，我不能在‘我之内’有部分的分割，我领悟到‘我’根本是单一的整体。虽然‘我’和肉体互相结合，但是我的肉体被削去一足或一臂或任何其它的部分，我不知道我的心灵会有什么损失。……这件事实，已足够证明灵魂和肉体是完全不相同的。”灵魂与肉体，一个在彼岸，一个在此岸。中间似乎隔着一道鸿沟。可是笛卡尔又不能忍受这种割裂，于是他保留了传统哲学中心物结合的说法，架起了一座从彼岸到此岸的无形桥梁，别出心裁地在文章中应用“混合”一词（mlange）来说明身心交感问题。不过仔细研究笛卡尔的“身体”，不难发现它是一件强加给灵魂的东西，实在和灵魂格格不入。肉体与灵魂连在一起，完全违反了它们的本性。因为按笛卡尔的说法，灵魂单独时已是一个完全的实体，如果这样的话，则肉体对它而言，只是一个附体或偶有之物。然而，按亚里士多德及阿奎纳的传统说法，身体之所以能成为一个实在的人，是因为它具有灵魂，而灵魂之所以成为这个人的灵魂，而不是别人的灵魂，是因为他有肉体之故。这就是说，灵魂使身体成为事实，而身体使灵魂成为确定的一个人。因此，灵魂与肉体不能分别存在。这与笛卡尔的灵魂本身是一个单独完备的实体相差甚远。灵魂是单纯的精神实体，那么灵魂会死吗？笛卡尔认为，不管灵魂的本性、寿命如何，可是有一点似乎可以肯定，那就是灵魂的命运与肉体的死之无关。因为肉体是由不同的部分排列组织而成的，所以它能被分割、分离，它的形态也能遭受到破坏而归于灭亡。相反，灵魂既没有部分，也没有形态，所以不能被分割，也不能遭受到一般身体的毁灭。“自然的知识告诉我们，心物是有分别的，心是一实体。人的身体之所以异于其它物体在于它是由某种形态的肢体与其它类似的偶有物所组成。最后，身体的死亡，也只是由于形态的分离或改变。”按照自然哲学所能知道的情形，灵魂是不死不灭的。因为灵魂是一个实体，因而它继续存在不会丧失。所谓实体继续存在，就是一实体继续受造（continually tohecreated）；而且是时时刻刻地受造。由于这种实体单纯而且没有部分可言，所以它的继续存在是由一些彼此不相连的瞬息时间所组成。组成时间的分秒是彼此独立的，前一瞬时间的存在本身无法保证下一瞬时间的存在，也无法限定它的存在。“时间的性质或我们寿命的性质，既然有这种性质，前一部分无法保证后一部分，后一部分不能依赖前一部分，彼此相互独立，无法一起存在，则我们现在的存在未必能保证下一时刻的存在；除非有一原因即产生我们的同一个原因，继续产生我们，保证我们。”笛卡尔认为灵魂不能一瞬一息继续存在，除非依靠产生它的同一原因，继续产生它。如此，下一瞬息的存在不是由前一瞬息的存在而来，下一瞬息是被接到上一瞬息去的。但是灵魂因为是一实体的缘故，永恒继续存在。这就是灵魂不死的全部理由。不过，就哲学的观点，笛卡尔的灵魂永恒存在的说法是大有问题的。因为没有什么可以使我们相信灵魂不继续存在，这并不能证明灵魂继续存在；更无法证明，它必须继续存在。既然如此，时间不是自然连续的，前一瞬息不能保证后一瞬息，那么为了肯定或否定此时间的延续，必需先知道一切事物的最后情形。但这不是人所能有的知识，如果我们能知道一切事物的最终结果，也是出于上帝的恩赐，如果上帝真的这样启示了我们灵魂不会同身体一般停止存在。当然我们可以坚信不疑，但是如此，我们便是用信仰的立场来确定灵魂的不死不灭，而不是用哲学的方法建立起灵魂永存不朽的论证。
灵魂与肉体的区分是笛卡尔二元方法论的具体应用。但他却钻进了二元论的死胡同，钻出无穷无尽的矛盾，终于在晚年亲手捅开一个透气的窗户。可以这样说，笛卡尔在经院哲学唯心论走到绝路的时候，提出了他的二元论，这是一条新路。当他的二元论再走上绝路时，他又提出了身心交感说，这又是一条新路。新路是在山重水复疑无路的时候提出的，给人们提供了一个可以走的新方向，�