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令人惊讶的是，无论对钟表还是行皇，相似的数学原理都能完美地应用。其实大可不必惊讶，我们又没有把它强加给宇宙。这不过是宇宙运行的方式。如果这被称为怄原主义”的话，那就算是吧。
直至20世纪中期，在神学家、哲学家和许多生物学家中间，流行这样一个强烈的信仰——生命无法“还原”为物理和化学定律，而是存在一种“生命力”、一个“生命原理”，一种“道”、一种使生物能生存的“玛那”。它“激活”了生命。不可能想象仅靠原子或分子，就能解释活生生的生命所具有的复杂和精美，以及形式与功能的和谐。因而，宗教应运而生了：上帝或众神使无生命的东西具有生息和灵魂。18世纪化学家约瑟夫·普里斯特烈试图找到“生命力”，他称量了一只耗子活着和死去时的质量。毫无疑问，两次称量的结果完全相同。所有这类尝试都以失败而告终。如果确有灵魂物质存在，显然它没有质量，——也就是说，它并不是由物质组成的。
然而，即使生物唯物主义者也对此持有保留意见；也许，就算植物、动物、真菌和微生物是没有灵魂的，理解生命仍需要尚未发现的科学原理。例如，英国生理学家j·s·哈丁（j。b。s。 hardin之父）在1932年提出这样的疑问：
关于生命如何从疾病和损伤中得以恢复，生命的机械论能给出什么合理的解释吗？一点也没有，就像与此紧密相关的繁殖现象一样，这些现象太复杂、太奇怪，我们还不能了解它们，不论我们如何发挥想象力，我们都无法想象一个精致复杂的机制，能够像一个有机体那样，不断地、无限地繁衍自身。
但仅仅几十年后；人类获得了关于免疫学和分子生物学的知识，彻底揭开了这些曾被认为是无法理解的奥秘。
我清楚地记得，50年代和60年代，当dna分子结构和遗传密码的性质首次被详细阐述时，研究宏观有机体的生物学家是如何谴责那些分子生物学的倡导者是“还原主义”的（“用dna，他们连一个蠕虫都根本弄不明白”）。当然，将一切事物都归结为“生命力”比“还原主义”好不了多少。但现在我们已经知道得很清楚，地球上的所有生物，每一个有生命的东西，核酸中都携带密码形式的遗传信息，基本上都采用相同的一套密码来执行遗传指令。我们已经了解了如何解开这些密码。生物不断重复利用着相同的几十个有机分子，执行着各种功能。科学家已经确认出胆囊纤维化和乳腺癌的致病基因。组成流行性出血热细菌的1743个基因的1800万个dna碱基对，已经被排列出来。大多数基因的特定功能，都被详细地了解：从制造和折叠上百个复杂分子、防热、抵抗病原体、提高变异率，到严格的自我复制。其他许多有机体（包括蛔虫）的大部分整组遗传基因图谱也被绘制出来。现在，分子生物学家正忙于将决定人类特征的30亿个核苷酸序列记录下来。再过一二十年，他们就可以完成这项工作。从此项成就中，人类获得的利益是否会大于风险，似乎目前还无法确定。
原子物理学、分子化学与最神圣的繁殖和遗传本质之间的密切联系，现在已经被科学家建立起来了，并不需要引入新的科学原理。看起来好像只需要几个简单的事实就足以理解生命体的极端的复杂性和多样性。分子基因学同时也告诉我们，每个有机体都有其特殊性质。
还原主义更好地应用于物理学和化学。稍后，我将描述一个意想不到的一致性，我们对电、磁、光和相对论的理解可以归为一个单一框架。几百年来，我们已经知道了少数几个相对简单的规律，不仅可以解释，而且可以定量地准确预测多得令人吃惊的各种现象。这些现象不但发生在地球上，还可以发生在整个宇宙中。
从神学家伦敦·吉凯所著的《自然、现实和神灵》（natural；reality and the sacred）一书中，我们看到这样的观点：所谓四海皆同的自然规律，仅仅是一帮容易犯错误的科学家和他们的社会环境所强加给宇宙的先入之见。他渴望其他类型的“知识”在它的领域中能和科学在科学领域中一样，真实有效。然而，宇宙的秩序并非假设，而是观察到的事实。我们能探测到来自遥远类星体的光只是因为电磁学定律在100亿光年之外和在地球上一样有效。我们能够辨认出它们的光谱只是因为类星体和地球存在相同的元素，因为二者都遵从同样的量子力学定律。星系间相互围绕的运动遵循我们熟知的牛顿万有引力定律。万有引力透镜和脉冲双星的螺旋形下降（spin…downs）揭示了宇宙深处的广义相对论。我们也许可以生活在一个每个区域都有不同规律的宇宙中，但事实上并非如此，这一点不能不令人惊叹和敬畏。
我们或许生活在仅通过几个简单规律无法理解的宇宙中，自然界复杂得超过了人类的理解能力，地球上的定律不适用于火星或遥远的类星体。但是，我们所得到的证据（注意，不是先入之见，而是证据）证明情况恰恰相反。我们是如此幸运，生活在许多事物可以“还原”为几个相对简单的自然规律的宇宙中。否则，我们的智力可能不足以理解整个世界。
当然，我们在把还原主义的方法应用于科学时可能会犯错误。正如我们所知道的，也许许多事物不能还原为几个相对简单的规律。然而，根据最近几百年的发现，抱怨还原主义似乎是愚蠢之举。它不是一个缺陷，而是科学最主要的成功之一。对我而言，它的发现于许多宗教是完美地吻合的，尽管它不能证明宗教的真实性。为什么几个简单的自然规律能够解释那么多的东西，而且适用于整个广袤的宇宙呢？这不正是人们对宇宙的创造者的期望吗？为什么宗教神秘主义者反对科学上的还原主义方法，而不去反对他们错置了的对神秘主义的爱恋呢？
几个世纪以来，宗教的议程上，一直试图调和它与科学的分歧。至少那些不愿在文字上刻板地坚持《圣经》或《古兰经》而不给寓言和比喻任何空间的人是如此。罗马天主教神学的最高成就是圣·托马斯·阿奎那所著的《神学大全》和《反异端概要》。除了12、13世纪复杂的伊斯兰教哲学涌入基督教世界的漩涡之外，古希腊的书籍，特别是亚里士多德的著作（即使随意翻检一下也会发现其伟大的成就）也随之而来。这些古代学识与上帝圣言是和谐的吗？（原注：对许多人来说，并不存在困境。11世纪的圣·安瑟伦说：“我相信，所以我理解。”）在《神学大全》中，阿奎那企图协调基督教与古代经典之间的631个问题。但是，在有明显分歧的情况下如何做到这一点呢？没有一些附加的组织原则，一些了解世界的更好的途径，是无法完成此项任务的。通常，阿奎那求助于常识和自然世界——即科学，正是用它们作为纠正错误的手段。通过在一定程度上扭曲自然和常识，他设法去解决所有的631个问题。（当“推”变成了“猛挤”，想要的答案可以被简单地臆想出来。此时，理性总是让位给对宗教的忠诚。）犹大法典和后犹大法典及中世纪伊斯兰哲学中，也充斥着类似的尝试。
但宗教的核心教义，却能科学地验证。这导致了一些宗教人士和信教者谨慎地对待科学。圣餐，如教会宣传的那样，不只是一个引人联想的比喻，而在事实上，的确是那稣基督的血肉吗？还是不论从化学的、微观的或其他什么方式看，仅是牧师递给你的一小块未经发酵的圆面包片（所谓“圣饼”）呢？（原注：有一段时间对这一问题的回答事关生死，迈尔斯·菲力浦斯，一个英国水手，搁浅于西班牙属墨西哥，他和他的同伴在1574年被带到宗教法庭。他们回忆到：“我们是否相信教士举在他头顶的主的面包和圣餐杯中的红葡萄酒是真实的、毋庸置疑的救世主耶稣基督的肉体和鲜血，是还是否？”“对这个问题”，菲力浦斯补充道，“如果我们的回答不是‘是’，那么我们就死路一条了”。因为这一中美洲的仪式已有500年没有真正举行过了，我们可以从这个角度反思那些成千上万献给阿兹台克和玛雅神祗的自愿和不自愿的牺牲者，他们通过宁静的信仰和确信他们的死亡是为了拯救字宙而使自己甘心于这一命运）如果不用人向神灵献祭，在金星52年的循环周期结束时，世界就会毁灭吗’一个偶然未受割礼的犹太男子，会比他遵循与上帝的古老契约（上帝要求割下每个男性崇拜者的一小块包皮�