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1994年12月在加蓬又发现此病。1994年在科特迪瓦爆发流行中，发现野生黑猩猩的自然感染。1996年2月5～6日在加蓬一个农村爆发的埃博拉，最初传染源是1月26日人与黑猩猩接触有关。在13名死者中有12名已肯定与死黑猩猩血液有过直接接触。死者中有1名是6个月的婴儿，另1个儿童也因发热住院，其父母都是最早的患者。
1995年1月起，扎伊尔基奎特发病316例，死亡245例，病死率。1996年2月5～6日加蓬伊温多河流域，离马科库150公里的一个偏僻的周围人烟稀少的农村，共150个居民，开始出现19例病人，因高热、便血和严重眼红被收入马科库省医院，平均年龄18岁，其中10人死亡。该地区2～4月共发生32例，死亡21例，病死率。1996年7月13日至1997年1月18日在加蓬发生60例，死亡45例，病死率75％。
2000年，令人类闻之色变的非洲神秘病毒埃博拉再度在乌干达现身，到10月19日发病94例，死亡39例，实际死亡数字和感染病毒者难以计数。这种可怕病毒渐渐呈大规模传染之势，引起国际卫生组织警惕。世界卫生组织和各国政府于17日紧急调派专家和护理人员飞赴乌干达疫区，对病人和感染者实施隔离治疗，并且派出军队强行封锁疫区，禁止该地区任何人离开。突如其来的疫情已经在东非各国造成了极大的恐慌，东部非洲经历着真真切切的一级恐怖。
紧接着，刚果共和国卫生部长3月11日称，该国北部边远地区又遭到埃博拉病毒袭击，已经造成100多人死亡，同时还导致一个自然保护区2/3的大猩猩丧命。他证实，死亡者生前曾食用过病死的猴、黑猩猩、大猩猩等灵长类动物的肉。
2002年1月，加蓬共和国再次爆发埃博拉病毒，1月17日加蓬的最新统计数字显示，埃博拉感染病例已达33人，其中24人已经死亡；致死率高达72％，而且不断有人再继续死亡。
迄今为止，可怕的病毒自在加蓬共和国发作以来，其发作次数丝毫没有减少的迹象。
近期，科学家们又发现，早在埃博拉病毒之前，曾有一种马尔堡病毒似乎是它的前身。1967年8月，德国的马尔堡小镇一个实验室里的工作人员突然发生高热，腹泻，呕吐，大出血，休克和循环系统衰竭，这个小镇的宁静从此被打破。当地的病毒学家快速调查原因——此种症状同样出现在法兰克福和贝尔格莱德（南斯拉夫首都）——这3个实验室都曾经用过来自乌干达的猴子作脊髓灰质炎疫苗等研究。一共有37人，包括实验室工人，医务人员，和们的亲戚都感染上了这种莫名的疾病，其中有1/4的人死去。3个月后德国专家才找到罪魁祸首：一种危险的新病毒，形状如蛇行棒状，是猴类传染给人类的。马尔堡病毒就像它来时那样神秘地消失了，直到1975年南非才报告了一例。但是，到1976年，它的近亲——埃博拉病毒在扎伊尔便掀起一阵恐怖浪潮，杀死了280人。从那时起，埃博拉、马尔堡等其他致死性“出血热病毒”几乎成了一个神话世界里的魔鬼。
德国的马尔堡——这个位于法兰克福北方，风景优美、拥有许多著名的历史古迹的安静小镇，因为马尔堡病毒而“声名远扬”。
埃博拉病毒的出现当然更引起了医学界的高度关注。然而，到目前为止，科学家们尚不知道这种病毒如何产生，如何繁殖，目前也没有有效的治疗办法和防治疫苗。埃博拉病潜伏期一般两个星期，最多21天。如果21天后仍不发病，就表明被观察者“脱离了危险”。日本国立预防卫生研究所根据病毒的危害性，将病毒分为4级，艾滋病病毒定为3级，而埃博拉病毒被定为最危险的4级。
（二）奇怪的传染途径
我们现在已经总结出这种病毒的主要传播途径是通过病人的血液、唾液、汗水和分泌物，经皮肤、呼吸道和结膜而传染给健康人。受感染者经过短则数天、长则3周的潜伏期后，病毒便在体内迅速扩散，大量繁殖，致人死亡。同艾滋病病毒相比，它的潜伏期短，病人死亡快，有的病人甚至还没来得及到医院看病就已死亡。更令人闻风丧胆的是，这种病毒极易感染，就连接触过病人的医护人员也不能幸免。
但埃博拉出血热有着与其他病毒传染病完全不同的可疑之处。埃博拉出血热有很强的传染性，但它的传染方式是无法用常理解送的。按照一般规律，健康人必须和病人（或动物）有某种形式的相互接触，才有感染发病的可能。所以健康人和病人两个地点之间必然有诸如人员频繁来往等的相互联系，而且彼此在地理上相隔不会太远——广州人打喷嚏总不至于使哈尔滨人感冒罢。通过医学的流行病调查，传染的来龙去脉是可以查得清楚的。埃博拉出血热却不是这样，虽然它只发生在非洲，但发病的疫点都是彼此没有联系而且相隔很远的偏僻村落。流行病调查找不到相互传染的途径，好像是天女散花般“从天上掉下来的”。
另一个疑点是人类的免疫系统对埃博拉病毒几乎全无作用。感染之后连潜伏期都似乎不存在就发病了，先是肠道组织发生坏死性的溶解，继后全身的组织器官都迅速溶解，在这样的情况下医生除了给病人一点止疼药外可说是根本束手无策。病情在不受约束地发展，随着组织的相继坏死，病人到处出血和伴发可怕的高热，几天内就可死亡，只有很少的人得以幸存。发病如此猛烈表明了免疫系统的无能为力，同时也暗示世界上（至少是非洲）从前不曾流行过这种病毒。
有部分科学家称这是来自太空的病毒，但马上遭到另一些科学家的反对。不支持埃博拉病毒是太空病毒的事实是，科学家现在发现这种病毒也可能存在于猴子、蝙蝠、蚊子的身上，人们可能就是从它们那里传染到的。然而，这些小动物身上的病毒又是从何而来的呢？如果病毒一向就寄生在它们身上，那么为什么人们不是长期反复地出现病例，而是突然地在一个小范围里（比如一个村子）爆发？而且，一个疫点如何传递到远处的第二个疫点，而途中却丝毫不造成散落的发病？这些都是违背地球一般传染病的规律的，而“天外来客”则可以全部解释这些现象——上帝打了个喷嚏。总而言之，埃博拉出血热病毒是一个神秘的谜团。
还有一种说法是传播埃博拉病毒的可能是鸟类。
英国Purdue大学的科学家们说，埃博拉病毒曾夺去中非地区数以百计人的生命，同样，这种病毒也袭击鸟类。研究者们对埃博拉病毒的生化结构进行研究，发现这种致命的外部蛋白与某种鸟类的逆转录病毒相似。这提示病毒可能是从鸟类传播给人类的。
研究人员说，他们的理论还没有被证实，但英国卫生保健官员应重视这一理论。众所周知，自1976年首次发现埃博拉病毒以来，该病毒只感染人类和猴子。
我们不得不承认，对于这一可怕的病毒早期横行的时候，人类是无能为力的。
埃博拉在乌干达古卢地区全面爆发时，在古卢意大利援建的“任务”医院里，尽管医护人员尽了最大的努力，但仍有10名感染了埃博拉病毒的病人痛苦死去。“任务”医院的医疗能力也到了所能承受的极限，尽管专家们建议医院要给证实染上埃博拉病毒的病人设立专门的隔离病房，但这根本不可能做到，因为病人实在是太多了，其中8名垂死的病人只能被草草安置在病房外一间简易屋的地下，听任其死亡。在疫情最严重的拉科尔地区，埃博拉病毒的蔓延已呈失控的趋势。拉科尔医院院长马休·卢克维亚带着一脸疲惫恐惧的表情接受了外国记者的采访，他透露的疫情远远比乌干达官方公布的情况严重：“前来医院求救的病人告诉我们说，他们的亲朋好友中得病的人越来越多。80％前来医院求救的病人都说他们家里已经有人因埃博拉而死！最惊人的是，每收治一位感染埃博拉的病人，他或者她都声称至少已有五到六个亲人已经死去！现在，就连我们医院也难逃厄运，我们的三名女护士就因为在接触病人时不慎感染埃博拉而暴病身亡，剩下的护士们吓得不是辞职不干，就是得穿全副保护服才敢进行抢救！说实在的，我们已经觉得无能为力了，恐怖、疲倦和绝望笼罩着整个地区，占据了这里每一个人的内心。”
在此期间，最有效的方法是切断传播途径，强制隔离。为此，非洲国家用军队建立隔离区。乌干达政府下达了将古卢北部三个埃博拉病毒肆虐最严重的地区宣布为完全隔离区的命令，动用军队严禁任何