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无疑有其积极的和正面的意义。
在一些与他有过争端的学者的眼里，方舟子的形象与他自我认定的光辉形象有着讽刺性的差距。有人说，方舟子的惯用手法是迅速将话题意识形态化，把持有不同意见的人说成是“反科学，反政府、反人类、用心险恶”，“如果你批评他的打假缺少程序正义，他就会说你拥护学术腐败”。
在我们的记者用素描的手法对他进行了个性化的描绘之后，他认定我们的记者是在用歪曲、捏造、臆断等“****手法”对他进行污蔑。
我们呈现“方舟子现象”的各方观察、解读，并把评判留给每一位读者和这个越来越理性健康的时代。
我们希望，很多年后，在人们已经不再计较方舟子的性格上的偏激偏执偏颇和他向无辜者泼出的“恶语”的时候，人们依然可以记得，那是一个在沉默的大多数保持沉默的年代向学术腐败勇敢地、恶狠狠地挑战的勇士。
方舟子战事
1994年2月，创办世界第一份中文网络创作类电子杂志“新语丝”。
1995年6月，建立国际上最早的中文电子文库之一“新语丝电子文库”。
2000年3月，“新语丝”设立“立此存照”专栏，成为中文网络第一个学术打假网站。至今揭发50多个“假学术”、“假文凭”和学者抄袭剽窃案例。影响较大的有“哈佛最年轻的教授”夏建统事件、“基因皇后”陈晓宁事件、“北航抄袭事件”、吴征假文凭事件、杨雄里院士抄袭事件、王铭铭剽窃事件、汪丁丁事件、清华“十面博士”董关鹏事件、朱苏力招生事件、薛涌事件等等。
2000年6月，出版的《方舟在线》一书，是“国内第一部多学科网上争鸣文集”，引起轰动，获“2000年《Newton…科学世界》杯十大科普好书奖”。
2000年8…9月间，“新语丝”揭发“基因皇后”陈晓宁事件。
2001年1月，揭露“核酸营养”骗局。
2002年4月，与国内基督教人士产生极大分歧，最著名的是针对丁林的批判。
2002年4月，至今未平的“克隆人论战”。方认为，在技术条件成熟的前提下，“并没有一种能经得起推敲的理由禁止克隆人”。
2002年8月，批判“伪纳米”技术。
2002年9月，对朱海军等“民间科学家”的系列批判。
2002年11月，方批判北大“科学传播中心”是“反科学传播中心”，矛头直指北大科学传播中心吴国盛、刘兵、刘华杰、田松等人。
2003年2月，发布“中医骗子论”。把中医视为“骗子”，从“龙胆泻肝丸”事件到发表《艾滋病拯救得了中医吗？》，为此与中医界人士论战不止。
2005年3月，“转基因事件”。就“转基因”产品是否对人类有害，与《中国青年报》记者刘县书展开论战。
2005年4月，云南大学演讲，直击“伪环保”人士。早前和环保人士展开“应否敬畏自然”大争论，方舟子坚持“人类无须敬畏自然”。
在一个成熟有效的学术机制建立之前，
中国无疑需要一大批更加理性、客观、公正的升级版方舟子
本刊记者 曾繁旭
科学还是强科学？
1998年，方舟子第一次回国，开始和国内一些学者陆续交往，后者觉得方是个有人文素养的科学主义者，“让人欣赏”。
但他们很快发现给方舟子下一个简单的定论是草率的，那些原本对他很有好感的学者开始重新审视了。北京师范大学哲学与社会学学院教师田松回忆，转折点是2001年，当时刘兵（清华大学科技哲学专业博士生导师）推荐一本讨论基因工程危害的书籍《美梦和噩梦》参选“年度科普佳作奖”，方得知后，给所有评委写信，认为该书是“伪科学、反科学作品”。该书最后落选。
此书后来在社会上引起争议。刘兵的硕士研究生柯志阳也加入论战，与方舟子等在“新语丝”上打了一场笔仗，而“方动辄以生物学的权威自居，认为柯志阳没有资格。批评柯志阳的文章，‘新语丝’正常发表；而柯志阳的反驳文章，方舟子只愿发表加上点评的版本。”田松说。
于是，田松给方舟子写了一封信《就此别过》，表示“不愿意再与方舟子有任何私下的来往，请方不要再给他的私人信箱发送任何邮件。”
“柯志阳曾给一些被方舟子视为主流的生物学家们发过电子邮件，询问他们对一些问题的看法，结果发现方舟子常常歪曲或者修改人家的本意。”
田松说，“在此之后，方舟子在生物学方面的科普文章我也不再相信，因为他会为了支持自己的观点去选择有利的证据，夸大乃至歪曲别人的观点。”
2002年10月，江晓原、吴国盛，刘兵，刘华杰、田松等学者在上海举办第一届“科学文化研讨会”，发表《科学文化宣言》，对科学主义提出质疑。方舟子的“新语丝”很快把这份宣言称为“反科学文化宣言”，同时把这些学者称为“反科学文化人”。此后不久，他撰文把“北大科学传播中心”称为“反科学传播中心”，今年又把“北大哲学系”称为“弱智系”。
田松认为，这批科学哲学工作者和方舟子的根本差别在于对“文明”和“科学”的认识不同。“方舟子代表的是当下仍有很强惯性的工业文明精神，而不是生态文明。他强调发展、强调以人为中心，以科学为武器对自然的征服和利用，把人类的生存和幸福建立在对物质世界的控制上。”
这批学者认为，应该为科学划定一些禁区，“强调人与自然的和谐，强调自然本身的价值，强调约束人的欲望”。
方舟子表示，“从来没有认为科学是万能的”，但“中国要真正实现现代化，科学理性必须成为社会思潮的主流。我很乐意为加速这个进程助其一臂之力。”方舟子说。
刘兵教授认为，“方舟子的科学观念，符合了主流意识形态对于科学的理解，这也是他受到欢迎的原因。他的盛行和我们社会对科学的崇拜以及偏颇理解有关系。”
“三不政策”
“他行文的语气，让人觉得他似乎永远站在一个正确的立场上，他掌握真理的标尺，所以他总是在宣判。”在刘兵看来，方舟子的惯用手法是迅速把话题意识形态化。把持有不同意见的人说成是，“反科学、反政府、反人类、用心险恶”，语气不容置疑。
“他常喜欢调查对手的资格，臆测对手的动机。如果你批评他的打假缺少程序正义，他就会说你拥护学术腐败。”田松说。
在相当长一段时间里，吴国盛、刘兵等学者在媒体上发表的关于科学禁区、科学负面效应等问题的文章，方都会予以批驳，但这些学者们奉行“不理睬、不接触、不反驳”的“三不政策”。直到2005年1月，方舟子和环保人士进行“应否敬畏自然”的论争，这批学者才又不约而同加入辩论。刘兵认为云南大学演讲是方舟子的转折点，“这样的发言将影响到这些代表社会良心的环保组织的发展。”
“方舟子从来没有和我们做学术上的讨论，我们一直被方舟子作为政治上的对手。”田松说。通过“正”和“反”的简单二分，方舟子似乎永远站立在一个科学和维护科学的立场上。
曾在《探索与争鸣》上发表《方舟子现象断想》系列文章的野鹤，也曾撰文认为方舟子“宣扬强科学主义，主张树立科学的绝对权威，竭力诋毁人文学界”。这一系列文章导致了《探索与争鸣》与方舟子的对簿公堂。
多数情况下，方舟子表现得真理在握。“我刊登过几次在事实细节上的失误。”方舟子说。
采访中绝大多数的学者则认为，方不止一次在打假中造成明显的错误，“比如‘新语丝’批评刘兵翻译水平拙劣的文章，里面的例句竟然不是刘兵本人写的，而是编造的。”田松说。而“新语丝”对前南开大学校长母国光院士和中科大郭光灿院士的打假，也被不少学者认为“打错了”。
“方说，如果认为他的打假有误，可以向他提出申诉，事实上，也的确有人申诉过，但方舟子经常要加上批注，把对方继续丑化一番。比如他对汪丁丁就是这样。”田松说。
方舟子对自己的形象相当维护。“因为‘新语丝’是同仁网站”，选择刊登怎样的文章带有很强的自主性，于是绝大多数情况下，方舟子是“新语丝