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的方式受到整个系统的监控，而另一种方式是走后门，通过火车站，或火车人接运，然后进入矩阵，这就如同尼奥所做的那样，这种方式可避开系统监控。
显然火车站是连接矩阵和source世界的一个秘密通道，有些程序可以通过这个方式逃过系统监控在矩阵和zion世界中来往，那对自称是电厂工程师的印度夫妇多半是source世界中管理能源的的智能程序，他们在oracl的帮助下，产生了一段有很大发展潜力，但并无明确用途的智能程序（就是那个小女孩），为了免于被系统删除，就通过火车站这个通道，将其送进管理较为松懈的矩阵世界中（zion世界规则的运行要比矩阵严格的多）
尼奥在zion中能徒手对付机器章鱼，这是很明显提示source世界的性质。在矩阵重载的最后，机器章鱼被尼奥挡住的方式完全和尼奥在矩阵中挡子弹的方式一模一样，机器章鱼是怎么完蛋的，它们就象撞到一面墙壁一样，然后爆炸。
方雅君这时却坚持认为zion是真实世界的人，她甚至被杜星河勾出了丰富的想象力，说尼奥打章鱼的方式是通过无线上网进入矩阵，然后控制章鱼的结果。
这种说法，在杜星河看来，站不住脚，并且漏洞百出。
这个说法假定了矩阵中的权力可以控制现实的机器城中的机器生物，但是并没有什么理由可以支持这个假定。
事实正和这种假定相反，矩阵系统不过是现实机器世界的一个附属物。只有现实的机器世界控制矩阵，不可能反过来。
如果控制了矩阵，就能控制机器章鱼，那么请问smith为什么不控制机器章鱼来为他所用呢？就算他只是引发组成机器大帝的那些机器生物自杀性爆炸，那也就足够了。
现实中机器章鱼能够违背惯性定律，象撞在墙壁上一样突然停顿爆炸吗？如果无线上网。然后发出指令让机器章鱼爆炸自杀，那么为什么要伸出双手，为什么不下子消灭所有的机器章鱼，为什么总是排在最前面的章鱼先爆炸。
这些只有当zion世界同样是虚拟的才能被解释
还有尼奥在对机器大帝（那有无数机器生物群体组合构成的智能生命个体）说话的时候讲到，如果不答应他的提议，过不了多久，在机器城中也将布满smith的复制品，很显然如果机器城是真实的物理世界，就根本不存在这种可能性。
再看一下尼奥和先知的对话。neo：告诉我在没有接入的情况下我怎么分离了我的灵魂和肉体。告诉我我怎么只思考就把章鱼机器人拦截下来。告诉我我发生了什么事情。
oracle：the…one的能力远不只限于这个世界（the…power…of…the…one…extends–beyond……this…world）。从这可延伸到它的来源之处。
neo：哪里？
oracle：（the…source）源头代码，当你接触那些章鱼机器人的时候你就能感觉到。但你当时还没有准备好。你当时就应该死掉了，但很明显你对这个也没有准备好。
从这段话中，可以得到什么信息，the…one并非单是矩阵的the…one，它的权力可以在存放和管理矩阵原代码的世界发挥作用，而矩阵不过是这个世界的一个子系统。
尼奥在接触机器章鱼的时候感觉到什么，正是感觉到这个世界同样是虚拟的。
在矩阵革命中；尼奥在眼睛瞎了之后依然能看到被smith附身的人。能看到机器章鱼，看到机器城。这些都证明了这个世界是虚拟的。
方雅君被杜星河激发了思辨精神，她提出质疑，比如说，如果真像杜星河讲的，zion是虚拟的，为什么在zion中。尼奥的超能力只能针对机器章鱼，不能针对被smith附体的人呢？
其实道理很简单，那就是权限，尼奥在source世界中的权限要比他在矩阵中的权限中低得多，所以他的能力只能针对机器章鱼（而且数量有限）。
其实在火车站一场戏。已经做了提示，那里的尼奥，干脆就是一个普通人，被火车人一拳就打的趴到墙壁上，但这并不能证明火车站不是一个虚拟的世界，即便在矩阵里，尼奥也并非随心所欲，无所不能。在矩阵重载里，他被刀砍了会流血，也不是想干掉谁就能干掉谁的。
方雅君还问，如果zion是虚拟的，那为什么不直接将其删除，还要派机器章鱼攻打？
事实上，机器城和zion同处在一个虚拟世界里，必须遵守一样的规则，而章鱼的攻打，实际上正是在执行对zion的删除。
方雅君又问，如果zion是虚拟的，那为什么那些人类不能再分辨了？
这是因为他们和source世界中机器生命的对抗，已经使他们没有怀疑的精力和必要了，再说本来source世界就是真实世界的反映
方雅君最后又问，如果都是虚拟的，那么真实的世界是什么呢？
对于这个问题，杜星河只能讲，其实和source世界差不多，source世界所储存的都是真实世界的信息，惟独的区别是，其中source世界生物的行为受到系统权限的规定，真实的世界也并没有什么抵抗组织，所有活着的人都被泡在营养液里面。一开始所有的人都被设置在矩阵系统里面，但后来鉴于某些人的反抗情绪会导致矩阵系统运行的不稳定，就把这些人的大脑都接入真实机器世界中智能程序运行的那个系统中。影片中把这个系统称之为source；其中设立了zion，把那些反抗者集中到这个系统中来，并使其成为一个矩阵进化的工具。architect是现实的巨型电脑管理程序以个体智能生命身份出现在矩阵中的形式。
杜星河最后给方雅君总结道，机器和人类其实是共生关系，机器的原本计划就是这样的：机器从人类那里获得能源，机器提供人体存活的营养。人类的思维生活在机器创造的matrix中。
但这个计划暴露出了两大缺点：
1；并不是所有人类都愿意生活在matrix中。
2；并不是matrix中的所有程序都是为机器原来的目的而存在的。
由于存在这两种情况，matrix必须是一个能不断升级的系统，于是the…one被设计了出来，机器的想法是：在现实中建造锡安城，让只愿生活在真实中，而不愿生活在matrix中的人都集中到锡安，并让the…one加入到他们的行列，收集这部分人不愿生活在matrix中的原因，然后摧毁锡安城。让the…one回归matrix系统核心，完善matrix系统，最后reloadmatrix系统进行升级，减少不愿生活在matrix中的人的数量，最终使所有人都愿意生活在matrix虚拟世界中。
the…one是程序，由oracle（先知）种植、唤醒并引导，这一次the…one被种植在neo的思维中了。
在matrix系统中出现的不为设计者原来目的而存在的程序，按原来的做法。这样的程序是一定要被删除的（如那个小女孩）。在机器看来，人类没有选择。人类的思维必须生活在matrix虚拟世界中。
对于不愿生活在matrix中的人来说，他们认为生活在matrix是人类被机器奴役，人类必须生活在真实中，机器必须被消灭。
因此，双方原先都认为：机器与真实世界人是不能和平共处的。
于是。。。。。。。结果可想而知。
smith的出现是matrix建造者未预料到的，它是由于程序the…one而引发的副作用。成为机器超级用户（即建筑师）无法捕捉的病毒程序，他在matrix里疯狂复制，甚至可以侵入现实中人类的思维中，如果任其发展，matrix世界将被摧毁。而现实中的人类的思维也会受其控制，虚拟世界和现实世界都将毁于smith之手。
最后neo牺牲自己，在matrix虚拟世界中被smith复制，终于被机器捕捉到smith的源程序，然后实行杀毒工作。
结果就是，机器和人类都认识到，不能阻止人类和程序的选择，人类有权利选择生活在matrix中还是生活在真实中，机器要彻底消灭所有宁愿生活在真实中的人是不可能的，而人类要消灭机器，要所有人都回到真实生活中也是不可能的，毕竟绝大多数人愿意生活在matrix中。而对于matrix中的程序来说，想彻底消灭不为设计者原来目的而存在的程序也是不可能的，因为程序也会从人类本性中获得新的内容（例如爱），于是小女孩也不再被系统删除了。
机器和人类共同消灭了系统病毒smith，终于可以和平共处（虽然不知道能保持多久）。
至于neo本身，可能是死了，也可能其思维在杀毒时被机器一起删除，这就留待方雅君去思考了。
方雅君被杜星河对这部影片的理解震撼的无以复加，到最后不禁问杜星河：“你到底看过几