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在《方以智评传》中说“方以智主张文字拼音化，他仿西文列汉字成字母，依照音韵变化列出《旋韵图》”“方以智欣赏西方的拼音文字，希望中国和西方有朝一日能享同文之化。他设想进行文字改革必须先设立一个共同遵循的法则，有了它，可‘以近推远，以今推古’。”
他说“数千载之下，亿万里之外，皆可以对翻，小则明文字之音义，一贯而知，大则知无声之原，以尽声音之变，和乐律，通鬼神，格鸟兽”
《方以智评传》的作者感慨道：“这对于一个坚持改革的启蒙思想家，是何等博大的气魄，但是方以智的时代却不能给予他施展抱负的必要条件。他的愿望停留在纸上，近三百年之后，才被炎黄后裔逐步化为现实。”
事实上方以智在1639年（崇祯24年，这个时候他才28岁）完成他的的巨著《通雅》和《物理小识》之后两三年，满清就入关了，方以智投入了反清洪流中，他身为明朝进士，受过崇祯皇帝亲自见解，自然成为满清肉中钉眼中刺，后流亡各地，被迫削发为僧，但到康熙十年，还是没有能逃过满清毒手，被抓捕，押解途中，经过惶恐滩，也就是文天祥诗句“惶恐滩头说惶恐，零丁洋里叹零丁”中的惶恐滩毅然自尽而死。这样恶劣的条件下，方以智当然没有办法施展自己的报复。
十五，提出建立以数学为基础的整个科学技术发展的学科构架
徐光启在崇祯二年（1629年）七月二十六日，给崇祯皇帝上奏折《条议历法修正岁差疏》，论述了“数学和其他科学的关系，数学在生产实践中作用”，他是把数学作为其他一切自然科学和工程学的基础来看待（转引自《徐光启研究论文集》第40页）。
第一，数学是天文学，气象学的基础。“利用数学可以计算日月无星的运行，从而推测晴雨水旱。
”
第二，数学是机械工程学的基础，“精于度数，能造作机器，力小任重”，制作各种机械，“以供民用，以利民生。”
第三，数学是测绘学的基础，“天下舆地，其南北东西，纵横相距，纡直广袤，山海原野，高深广远”，都可以用数学方法测绘，“道里尺寸，悉无谬误。”
第四，军事学：数学可以用于“兵家营阵器械及筑治城台等”，“精于其法，有裨边计。”
第五，建筑学：“营建屋宇桥梁等，明于度数者力省功倍，且经度坚固，千万年不圮不坏。”
第六，财政、会计学：数学对“官司计会”，颇有用处，“理财之臣，尤所急需。”
第七，水利学：用数学，“度数既明，可以测量水地。一切疏浚河渠，筑治堤岸，灌溉田亩，动无失策，有益民事。”
第八，医药学：使用数学，“因而药石针砭，不至误差，大为生民利益。”
第九，音律学：“明于度数，即能考正音律，制造器具（乐器）。”
第十，计时：掌握了数学力学原理，可以“造作钟漏，以知时刻分秒”，“使人人能更分更漏，以率作兴事，屡省考成。”
《明末清初的格物穷理之学》一书说“此‘十事’涉及自然现象的研究、社会现象的研究和工程技术，就当时，无论中西方都未形成自然科学、社会科学、工程技术学科的分化。徐光启能陈此十事相当不易。有学者认为，这是比培根在《新大西岛》中所作理想研究更现实、弘通的知识体系的划分。”
徐光启的这个奏折，得到了崇祯皇帝的积极反应和支持，他下旨批示“度数旁通，有关庶绩，一并分曹料理”。但是不幸的是当时明朝只过了十几年就灭亡了，这么短的时间内，徐光启的设想是无法在全国上下全面展开的。
尚智丛说：“徐光启提出的“格物穷理之学”核心就是以数学的演绎推理和数量计算来探求客观事物的规律，具有近现代科学的特征，酝酿着近现代科学的倾向，他把数学做为科学发展的基础地位，在这里他比伽里略等近代科学先驱更高明。
他希望借助演绎推理，寻求事物的数学规律，形成“有理，有义，有法，有数”，使中国的科学思想在质上迈进了一大步”
徐光启开创的“格物穷理之学”在当时有李之藻，李天经，孙元化，王徵，其后又有方以智，王锡阐等发扬，但结果却没有在中国产生近现代科学，我认为根本原因在于满清的统治所造成的文明的毁灭割裂。满清的黑暗统治下，这样以数学为基础，全面发展科学的设想是根本无法实现的。
十六，对自然科学和哲学的划分，以及两者关系的论述
在这点上，明朝的学者领先于同期的西方，当西方还连哲学和科学的区别都弄不清楚的时候，明朝的方以智已经明确提出概念的区分和关系的论述。
方以智提出“质测”的概念，并下了一个定义：“物有其故，实考究之，大而元会，小而草木螽蠕，类其性情，征其好恶，推其常变，是曰：质测。”
显然这里“质测”的概念就是现在自然科学的概念。
然后方以智提出“通几”的概念，并下了定义：“器固物也；心一物也；深而言性命，性命亦物也；通观天地，天地亦物也。推而至于不可知，转以可知者摄之。以费知隐，重玄一实，是物物神神之几也。寂感之蕴，深究其所自来，是曰通几。”
这里的通几就是现在所说的哲学。
然后方以智论述了自然科学和哲学的关系：“质测即藏通几者也，有意扫质测，而冒举通几，以显其*密之神者，其流遗物。”“通几护质测之穷。”“不可以质测废通几，不可以通几废质测。或质测，或通几，不相坏也。”
方以智通过自己深厚的自然科学修养和哲学修养，对当时的西方传教士传过来的知识进行了批判性的吸收，他说“远西学人，详于质测而拙于通几；然而志士推之，彼之质测，犹未备也。”
方以智通过对《崇祯历书》中第谷宇宙体系的分析得出结论“绝对静止的天是不存在的，所谓‘大造之主’不过是运转不已的自然之天体。传教士所谓的上帝不过是臆说。他用理论用逻辑批判了传教士的创世说，讽刺他们‘详于质测而不善言通几，往往意以语阂’。”
十七，军事上
徐光启在崇祯四年（1631年）上疏建议组建以全火器装备的现代化陆军：“臣今所拟，每一营所用双轮车一百二十辆，炮车一百二十辆，粮车六十辆，共三百辆。西洋大炮十六位，中炮八十位，鹰铳一百门，鸟铳一千二百门，战士两千人，队兵二千人。……行之为阵，止之为营。遇大敌，先以大小火器更迭击之；……敌在近，则我步兵以出击之；若铁骑来，直以炮击之，亦可以步兵击之。此则实选实练所致，非未教之民可猝得也。而不如是，又不足以破敌。……臣言三聚当用6万人。若悉皆招募，费必不资，亦未可遽得。……若先练一营之人，先办一营之器，两者齐备，既成营矣。一营既成，更办次营，6万人当为15营。若成就四五营，可聚可散，则不忧关内；成就十营，则不忧关外；十五营俱就，则不忧进取矣。倘止完一二营，仅可协助大城为守，未堪野战也。此臣所谓车战之制，应须选募同强，教练同习，营阵同法，器械同利者也。其见在之兵，则速召孙元化于登州，令统兵以来，可成一营矣。”
这个计划得到了崇祯皇帝激切赞赏和大力支持。
遗憾的是几个月以后孙元化被卖国贼叛军孔有德俘，后放回，孙元化因为渎职罪而被处死。使得徐光启的练军计划落空，但他却已经指明了中国近现代军事的发展方向了。没有满清的中断，中国在军事上只会领先于同期的西方而不可能落后。
这里介绍一下孙元化，他是徐光启的学生，也是徐光启新军事思想的大力实践者，孙元化本身在科学上有相当造诣，著有《几何体论》《几何用法》《太西算要》。可以说没有登州事变，没有孔有德这个丧心病狂的卖国贼的叛变，他会训练出一支相当强大的火器部队来，彻底歼灭满清是没有问题的。
十八，海洋力量
郑芝龙在明朝官方的支持下发展成为拥有三千多艘海洋贸易船只，超级庞大的海上贸易集团。根据当时书籍记载，当时郑芝龙集团势力已经达到“凡海舶不得郑氏令旗，不能来往，每舶例入二千金，岁入以千万计，以此富敌国。”
在王春瑜《闽南海商势力的扩张》一文中说，崇祯元年，荷兰人，和许心素联